Nagy folyóink az országhatáron kívülről érkeznek. Ivóvizet, öntözővizet, rekreációs lehetőségeket biztosítanak, és a vízen való közlekedés révén országhatároktól függetlenül összekötik a folyók mentén élő embereket. A folyókat érő szennyezések sem ismernek országhatárokat, így káros hatásuk nemcsak a kibocsátás helyén, hanem attól távolodva nagy területen is jelentkezhet. A vízfolyások egyúttal ökológiai folyósok, melyeken keresztül számos vízi és vízhez kötődő élőlény, köztük inváziós fajok is, juthatnak el egyik helyről a másikra. A vízi élőlényközösségek ökológiai tulajdonságai, a szabad szemmel nem látható bakteriális, növényi, illetve alig látható állati plankton szervezetektől kezdve, a vízben élő gerinctelen állatokon át, a halakig mind információt nyújtanak a folyók ökológiai állapotáról, jelezhetik az élőhelyet ért káros hatásokat (ökológiai indikáció). Emellett az élőlényközösségek összetételében és sokféleségében bekövetkező hosszú távú változások (pl. biológiai sokféleség csökkenése) befolyásolják azt a közösségi választ is, amit az élőlények a megváltozó környezetei feltételek mellett adni tudnak (ökoszisztéma-működés). Ezért a vízi élőlényegyüttesek összetételének monitorozása, kiegészítve az élettelen környezet legfontosabb fizikai és kémiai paramétereinek lekövetésével, hatékony adatalapú támogatást nyújtanak a nagy folyók ökoszisztéma-léptékű változásainak követéséhez, az azokat érintő környezetgazdálkodási kérdések megválaszolásához, valamint a jövőbeni változásaik becsléséhez. Az HUN-REN Ökológiai Kutatóközpont nagy folyó monitorozásában bakterio-, fito-, zooplankton, kagyló, és halmonitorozás történik.
